Las conversaciones entre los representantes de Junts y el Gobierno de Moncloa avanzan con la fecha límite del 27 de noviembre en mente, cuando Pedro Sánchez necesita asegurar los apoyos necesarios para su investidura. Junto a la ley de amnistía, se exploran acuerdos sobre cuestiones espinosas como el referéndum de independencia catalán. Se ha planteado la posibilidad de reconocer los "derechos" de Cataluña como una "minoría nacional" mediante una ley, basándose en términos contenidos en el Tratado de Lisboa de la Unión Europea. A pesar de esto, Junts no renunciaría definitivamente a su demanda de un referéndum.

Los negociadores argumentan que el Tratado de Lisboa establece que la Unión Europea se fundamenta en el respeto de los derechos de las personas pertenecientes a minorías, lo que respaldaría la propuesta. Sin embargo, la negociación está en sus primeras etapas, y las implicaciones del término "minoría" aún no se han definido claramente.

Aunque la posibilidad de aparcar temporalmente el referéndum es un alivio para Sánchez, Junts sigue manteniendo su objetivo de independencia. En un mensaje reciente, Carles Puigdemont afirmó que Cataluña es una nación y que la independencia política es la única forma de mantener esa identidad. A pesar de esto, el referéndum inmediato no se ha establecido como una condición para la investidura, a diferencia de la ley de amnistía.

En septiembre, Puigdemont mencionó que solo un referéndum acordado podría reemplazar el referéndum unilateral de 2017. También indicó que los límites del separatismo estarían dentro de los tratados internacionales de derechos humanos y libertades fundamentales, lo que coincide con el enfoque de las "minorías nacionales" discutido anteriormente.

Además, Puigdemont solicitó la desvinculación del independentismo catalán del informe de Europol sobre terrorismo, un pedido al que Moncloa ha respondido favorablemente. Sin embargo, Europol no parece dispuesto a modificar el informe, según informes anteriores.